Der Name kommt einerseits von der „Milton Farm“, andererseits von der Familie „Duff“. Einige der Originalabfüllungen wurden bis in die 1980er Jahre auch noch „Milton-Duff“ geschrieben, gerne mit dem örtlichen Zusatz „Glenlivet“.
Bereits 1824 wurde die Brennerei erbaut, zeitweise war Miltonduff eine der größten Brennereien Schottlands. Im Jahr 1964 wurde die Brennerei um zwei Lomond-Stills erweitert, um mit den veränderbaren Kupferplatten im Kondenserbereich verschiedene Malt-Stile für die eigenen Blends herzustellen. Dieser Whisky von Miltonduff ist als Mosstowie bekannt und heute bereits eine seltene Rarität. Im Jahr 1981 sind beide Lomond-Stills durch ein weiteres Paar Pot-Stills ersetzt worden, heute wird mit insgesamt sechs Brennblasen bei Miltonduff Whisky gebrannt. Die Brennerei gehört zu Pernod Ricard.
Das hier gezeigten Fotos zeigt die Modernisierung im Jahr 1973. Schön auch die damalige Schreibweise auf dem Dach: "Milton-Duff-Glenlivet"